Geneza Księgozbioru Czartoryskich, stanowiącego trzon biblioteki rodowej, sięga II połowy XVIII wieku.  Pierwszy katalog książek z prywatnej biblioteki księcia Adama Kazimierza Czartoryskiego, liczył 1645 dzieł i został sporządzony w roku 1770.

Do czasu II wojny światowej kolekcja druków, kartografii, rękopisów, archiwaliów i częściowo grafiki, stanowiła całość zbiorów bibliotecznych, które jako kolekcja prywatna zostały oddane dla celów naukowych do użytku publicznego w Krakowie w roku 1876. Po roku 1945 Ministerstwo Kultury i Sztuki przyłączyło Muzeum i Bibliotekę Książąt Czartoryskich do Muzeum Narodowego w Krakowie, wówczas wyodrębniony został Dział Druków i Kartografii, którego nazwę zmieniono w roku 2003 na Księgozbiór Czartoryskich.

Zbiory Działu liczą ponad 225000 woluminów, na które składają się:

• stare druki, w tym inkunabuły i cimelia – ok. 70000 woluminów
• druki nowe, w tym druki ulotne i muzykalia - ok. 108000 woluminów
• czasopisma – ok. 43500 woluminów
• kartografia – ok. 7000 obiektów (atlasów i map)
• kalendarze – ok. 5660 woluminów

Największą wartością księgozbioru są zabytki piśmiennictwa narodowego. Zarówno wśród poloników jak i druków obcych znajdują się unikaty i druki bardzo rzadkie. Znaczna ich część to wydania bibliofilskie i druki posiadające cenne oprawy.

Pośród inkunabułów szczególną wartość przedstawiają polonika typograficzne i piśmiennicze. Biblioteka posiada największy zbiór druków sewilskich Stanisława Polaka (14 woluminów) oraz prace wędrownego drukarza z Bawarii Kaspra Straubego, działającego w Krakowie. Zdecydowanie przeważają inkunabuły niemieckie tłoczone w Norymberdze i Moguncji. Nie brakuje również druków z oficyn włoskich, hiszpańskich, węgierskich oraz z terenów Niderlandów i Moraw. Dodatkowym walorem kolekcji są te egzemplarze, które otrzymały, na wzór rękopisów iluminowanych ręczne wielobarwne zdobienia.

Chlubą biblioteki są cimelia obejmujące ponad 2600 poloników szesnastowiecznych. Kolekcja ta obejmuje druki wydane na terenach historycznie należących do Polski oraz Polski dotyczące. Wśród skarbów księgozbioru wymienić należy dzieło Mikołaja Kopernika: "De revolutionibus..." w oprawie z biblioteki króla Zygmunta Augusta, dzieła Macieja Miechowity i Marcina Kromera będące pierwszymi wykładami na temat historii Polski, Statuty Jana Łaskiego, które można uważać za pierwszą konstytucję, dzieła Stanisława Orzechowskiego i Andrzeja Frycza Modrzewskiego dające wykładnię teorii renesansowego społeczeństwa. Wśród poloników XVI wieku jest wiele unikatów i egzemplarzy o dużych walorach artystycznych. 

W bezcennym zbiorze map i atlasów znajduje się wiele unikatów, między innymi atlas factice Antonia Lafreri, rękopiśmienna kolorowana mapa Ukrainy Guillaume Beauplana oraz mapa Chin z 1605 roku. Ważną część zbiorów stanowią plany i widoki miast oraz plany fortyfikacyjne i batalistyczne.
Przegląd kultury społecznej od XVI do XX wieku daje nam zbiór 5660 roczników kalendarzy. Do najcenniejszych należą XVIII-wieczne kalendarzyki polityczne, między innymi "Kolęda warszawska" czy "Kalendarz polityczny dla Królestwa Polskiego i Wielkiego Księstwa Litewskiego".