Misją Muzeum jest świadczenie o wartościach narodowych i ogólnoludzkich poprzez upowszechnianie sztuki światowej i polskiej, zwłaszcza ośrodka krakowskiego, oraz poprzez działania muzealne obejmujące kolekcje i dzieła o wartości naukowej, historycznej i artystycznej, powstałe jako rezultat przekonań tych, których łączy poczucie przynależności lub uznanie dla kultury polskiej - bez względu na miejsce zamieszkania, narodowość czy wyznanie.