W Gmachu Głównym MNK mają siedzibę dyrekcja i administracja Muzeum oraz Dział Finansowo-Księgowy. Mieszczą się tu również: Dział Głównego Inwentaryzatora, Dział Głównego Konserwatora, Sekcja Organizacji Wystaw, Sekcja Edukacji i Upowszechniania, Zespół Promocji, Zespół Marketingu, Redakcja Wydawnictw, Biblioteka z Czytelnią, Dział Spraw Pracowniczych, Dział Techniczny, Dział Eksploatacji i Wewnętrzna Służba Ochrony, oraz pracownie: fotograficzna, plastyczna i konserwatorskie – malarstwa i rzeźby, rzemiosła artystycznego, tkanin, ram i pozłotnictwa, mebli oraz tapicerska, a także warsztaty muzealne.

W Gmachu Głównym znajdują się galeria stała Muzeum Narodowego w Krakowie:

• XX + XXI. Galeria Sztuki Polskiej
• Galeria Rzemiosła Artystycznego

W salach wystaw zmiennych w Gmachu Głównym - zgodnie z misją Muzeum - organizowane są ekspozycje czasowe, prezentujące zarówno dzieła należące do jego zbiorów, jak i wypożyczane z innych placówek oraz stanowiące własność prywatnych kolekcjonerów.

Wielkie zainteresowanie tysięcy widzów wzbudzają wystawy tematyczne. Do najpopularniejszych należały ekspozycje: "Polaków portret własny", "Sztuka kręgu Sztuki", "Między Giewontem a Parnasem" oraz "Obrazy śmierci w sztuce polskiej XIX i XX wieku". Ogromnym powodzeniem cieszyły się również wspaniałe pokazy sztuki obcej, m.in. prac Marca Chagalla, Andy'ego Warhola, kolekcji Reinholdta Würtha oraz impresjonistów francuskich; tą ostatnią zwiedziło ponad 140 tysięcy widzów.

Na wielkich monograficznych wystawach prezentowano dzieła m.in. Teodora Axentowicza, Piotra Michałowskiego, Henryka Rodakowskiego, Ferdynanda Ruszczyca, Witolda Wojtkiewicza i Leona Wyczółkowskiego. W cyklu "Opus Magnum" upamiętniającym 120-lecie istnienia Muzeum została przedstawiona - po raz pierwszy w takim zakresie - monumentalna twórczość Jana Matejki, Józefa Mehoffera i Stanisława Wyspiańskiego. Te ekspozycje odwiedziło w sumie ponad 100 tysięcy widzów.

Retrospektywne ekspozycje przybliżyły publiczności twórczość współczesnych artystów malarzy - Tadeusza Brzozowskiego, Tadeusza Kantora, Jana Lebensteina czy Andrzeja Wróblewskiego i rzeźbiarzy - Jerzego Beresia czy Aliny Szapocznikow.

Józefowi Czapskiemu i Markowi Rostworowskiemu poświęcone zostały wystawy o charakterze biograficznym.

Pośród pokazów czasowych popularyzujących grafikę dawną na szczególną uwagę zasługiwały: cykle graficzne Albrechta Dürera oraz "Lekcja romantyzmu według Goi" - prezentująca cztery kompletne serie rycin wielkiego hiszpańskiego artysty, będące własnością Muzeum, a ostatnio także prezentacja rysunków i grafiki niderlandzkiej. Osiągnięcia środowiska krakowskich współczesnych grafików przedstawia cykl "Graficy z Krakowa". We współpracy ze Związkiem Polskich Artystów Plastyków kontynuowane są wystawy z cyklu "Grafika w Krakowie", przedstawiające "Grafikę Miesiąca" i "Grafikę Roku" oraz prace wyróżnione w tym konkursie.

Muzeum realizuje także cykl wystaw związanych z antropologicznym tropem swej działalności. Do najważniejszych należały ekspozycja: "Janowi Matejce w stulecie śmierci" , będąca pierwszą próbą ukazania recepcji dzieła malarza, a także "Malinowski - Witkacy. Fotografia: między nauką a sztuką", prezentująca dokumentację badań wielkiego polskiego antropologa Bronisława Malinowskiego oraz fotografie wykonane przez Stanisława Ignacego Witkiewicza. Specyficzny charakter miała ciesząca się wielką popularnością wystawa "Pan Tadeusz - sztuka filmu w muzeum", wykorzystująca galerię militariów i rzemiosła jako integralną część pokazu.

O mniejszościach narodowych traktowały wystawy "Żydzi - polscy" oraz "Ormianie polscy. Odrębność i asymilacja".

Muzeum otrzymało w darze nie tylko wiele pojedynczych dzieł, ale i ogromne kolekcje. Aby przypomnieć hojnych donatorów, organizowane są wystawy czasowe: np. dedykowana Feliksowi "Manggha" Jasieńskiemu, a także "Kolekcja imienia Janiny i Józefa Haubenstocków. Dar dla Muzeum Narodowego w Krakowie, 1995-2001" czy "Memoriae donatorum. W hołdzie ofiarodawcom Gabinet Numizmatyczny Muzeum Narodowego w Krakowie", na której pokazane zostały dostępne na co dzień tylko do celów badawczych monety polskie i antyczne.

Muzeum prezentuje nie tylko swoje kolekcje. Liczne dzieła kolorystów należących do Ecole de Paris - będące własnością Amerykanina polskiego pochodzenia - pokazano na wystawie "Kolory tożsamości. Sztuka polska z amerykańskiej kolekcji Toma Podla"; z Włoch przyjechały prace pokazane w ramach ekspozycji "Alina i Vanni Scheiwiller - kolekcja współczesnej grafiki krakowskiej".

Wystawy czasowe pozwalają także podziwiać bogate zbiory rzemiosła artystycznego, na co dzień pokazywane tylko w części. Do takich prezentacji należały m.in. "Zwiewne piękno. Wachlarze Zachodu i Wschodu w zbiorach Muzeum Narodowego w Krakowie" czy "Za modą przez wieki. Ubiory z kolekcji Muzeum Narodowego w Krakowie". Dzieła nie tylko z Polski ale i zza granicy można było oglądać na wystawie "Świat ze srebra. Złotnictwo augsburskie od XVI do XIX wieku w zbiorach polskich".

Wielką wagę przywiązuje się w Muzeum do działalności edytorskiej. Wydawane są katalogi zbiorów i wystaw muzealnych, przewodniki, albumy, wydawnictwa ciągłe: "Rozprawy Muzeum Narodowego w Krakowie. Seria Nowa", "Sprawozdania Muzeum Narodowego w Krakowie. Seria Nowa", "Notae numismaticae. Zapiski numizmatyczne", "Studia do Dziejów Dawnego Uzbrojenia i Ubioru Wojskowego", a także dwie najnowsze serie: "Skarby naszych kolekcji" oraz "Z historii Muzeum Narodowego w Krakowie".

Muzeum Narodowe w Krakowie szczególnie dba o najmłodszych widzów. Z myślą o nich powstają przewodniki dla dzieci z serii "Historie i sztuczki, czyli wprawki z historii sztuki", w których obok informacji znajdują się także zagadki, zadania i krzyżówka - związane z tematem książki.

Biblioteka Muzeum Narodowego posiada stale uzupełniany specjalistyczny księgozbiór z zakresu historii sztuki i muzealnictwa. W Gmachu Głównym znajduje się także sala audiowizualna, zwana "U Samurajów", ponieważ powstała dzięki grantowi rządu Japonii. Została wyposażona w sprzęt umożliwiający projekcje multimedialne oraz w trzy kabiny dla tłumaczy. Odbywają się tu wykłady, konferencje i sympozja, a także projekcje filmowe, koncerty i wieczory autorskie.

Czynny w godzinach otwarcia Muzeum sklepik w holu oferuje publikacje o sztuce, pocztówki, reprodukcje dzieł sztuki i pamiątki.