Według niej członkowie rodu pochodzili z Frankonii, gdzie w X wieku służyli królowi Niemiec Henrykowi I Ptasznikowi. Walczyli także u boku Bolesława Krzywoustego przeciwko Prusom na Pomorzu w latach 1112–1118 oraz wojnie trzynastoletniej (poł. XV w.) po stronie króla Kazimierza Jagiellończyka. Hugo II Czapski von Smolangen pełnił urząd kasztelana gdańskiego w 1482 roku.

Należy przyjąć, że ród Czapskich wywodzi się z Pomorza Gdańskiego od Marcina Czapskiego (XV/XVI w.), który 15 czerwca 1526 roku otrzymał od króla Zygmunta Starego potwierdzenie posiadania dóbr: Czaple, Białe i łąka Czajki koło Świecia. Sebastian, podkomorzy malborski (ożeniony z Anną Konopacką, kuzynką Mikołaja Kopernika), otrzymał za zasługi od króla Zygmunta Augusta dobra Meisterwald (Nierzesino) w 1570 roku.

W początkach XVII wieku wyłoniły się linie rodu na Bękowie, Smętowie i Swarożynie (wymarła na początku XVIII w.). Potomkowie dwóch pierwszych linii tworzyli nowe gałęzi rodu Czapskich (od połowy XVIII wieku): na Bukowcu i Smogulcu, a w II połowie XVIII wieku – linię na Kiejdanach, później zaś – linię na Stańkowie na Białorusi oraz dalsze linie wielkopolskie.

Od XVI do początków XVIII wieku Czapscy byli związani głównie z Pomorzem i należeli do najwybitniejszych i najzamożniejszych rodów. Ich przedstawiciele skutecznie bronili interesów szlachty pomorskiej, obsadzali urzędy i godności lokalne – podkomorzych, kasztelanów, starostów – przewodzili na sejmikach i w sądownictwie szlacheckim Prus Królewskich. Do najwyższych godności doszedł w latach 30. XVIII wieku Jan Ansgary Czapski, który jako pierwszy z rodu osiągnął urząd centralny: podskarbiego wielkiego koronnego w 1738 roku, za Augusta III. Przedstawiciele rodu wybierali także karierę duchownych: w klasztorach, zakonach, na stolicach biskupich. Najwyższe godności uzyskał Walenty Aleksander Czapski, który w 1735 roku był nominowany na biskupstwo przemyskie, a w 1742 roku został biskupem kujawskim (włocławskim). Czapscy wybierali też drogę kariery wojskowej, jak Antoni Czapski (zm. 1792), podkomorzy chełmiński i generał wojsk polskich, gen. Grzegorz Józef Czapski (zm. 1810) i gen. Mikołaj Czapski. Dwaj ostatni w 1804 roku zostali uhonorowani przez króla Fryderyka Wilhelma III tytułem hrabiów von Hutten. Tytuł taki uzyskał także 3 września 1861 roku Bogdan Czapski, który założył ordynację na wspomnianych już dobrach Smogulec (Wielkopolska) – ofiarodawca swoich kolekcji dla Muzeum Narodowego w Krakowie.

Odnoga rodu Czapskich, która poprzez Radziwiłłów osiadła w początkach XIX wieku w okolicach Mińska Białoruskiego (Stańków, Przyłuki) oraz na Wołyniu, otrzymała potwierdzenie tytułu hrabiowskiego od carów rosyjskich (w 1874, 1895 i 1900). Linia Czapskich na Litwie (jako części Rosji po III rozbiorze Polski) wydała wybitnych przedstawicieli, do których należał Emeryk Hutten-Czapski, minister carski, kolekcjoner muzealiów i numizmatyk, i jego potomkowie – syn Karol, burmistrz Mińska na Białorusi, oraz wnukowie: Emeryk młodszy, kolekcjoner (zm. 1979), Józef, malarz i pisarz (1896–1993) oraz Maria, pisarka (zm. 1981). W latach 1994–2010 Muzeum Narodowe uzyskało archiwa Józefa i Marii Czapskich (22 metry bieżące) oraz zbiory muzealne, księgozbiory i pamiątki przywiezione z Maisons-Laffitte. Od wielu lat zbiory Muzeum Narodowego są wzbogacane przez Izabellę Godlewską de Aranda, malarkę, rzeźbiarkę i architekta, prawnuczkę Emeryka Hutten-Czapskiego seniora. Dzięki darom i zakupom do Muzeum trafiło w ten sposób wiele cennych zabytków z medalierstwa, militariów, malarstwa i rzeźby oraz pamiątek i dokumentów z dziejów rodu Czapskich (w tym dotyczących Emeryka Czapskiego juniora), eksponowanych obecnie w galeriach.

Ród Czapskich w latach 1660–1795 wydał: trzynastu senatorów, sześciu kawalerów Orderu Orła Białego, do roku 1863 trzech kawalerów Virtuti Militari. Czapscy byli też kawalerami innych orderów polskich, cesarskich i carskich oraz francuskiej Legii Honorowej. Ród Czapskich wydał dwóch biskupów, jednego podskarbiego wielkiego, trzech wojewodów, siedmiu kasztelanów, liczny zastęp lokalnych (pomorskich) podkomorzych, mieczników, podskarbich, chorążych, starostów starostw grodowych i niegrodowych, podwojewodów, sędziów ziemskich, marszałków i posłów sejmików pomorskich i posłów sejmów warszawskich, jak też kilku generałów. Ród ten obsadzał także funkcje w wielu zakonach i klasztorach, a w XX wieku dwóch Czapskich było przeorami polskiej prowincji Zakonu Maltańskiego. Czapscy walczyli także o niepodległość ojczyzny jako powstańcy i konfederaci, co przypłacili zesłaniem na Syberię i emigracją we Francji. Od 19 marca 1923 roku istnieje związek familijny utworzony z inicjatywy Bohdana Czapskiego ze Smogulca w Wielkopolsce. Obecnie potomkowie rodu Czapskich żyją w USA, Anglii i Hiszpanii.
Z racji posiadanych majątków i sprawowanych funkcji publicznych na Pomorzu w ciągu kilkuset lat członkowie rodziny Czapskich byli fundatorami i opiekunami (kolatorami) wielu zakonów, klasztorów, kościołów i kaplic, istniejących do dziś, gdzie znajdują się ich groby i tablice nagrobne.

Rola i znaczenie rodu wzrastała także poprzez koligacje małżeńskie z najwybitniejszymi rodami rycerskimi (szlacheckimi) na Pomorzu i Wielkopolsce, a z czasem także w innych częściach Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Wypada tu wymienić rody: Wejherów, Witosławskich, Kossów, Kruszyńskich, Kalksteinów, Łosiów, Działyńskich, Konopackich, Iwanickich, Kostków, Skórzewskich, Mielżyńskich, a w XVIII wieku – także Radziwiłłów litewskich. W drugiej połowie XIX wieku Czapscy weszli w koligacje z najwybitniejszymi rodami arystokracji europejskiej, takimi jak – Meyendorffami, Stackelbergami, Cziczerinami, Kinskymi i Thun-Hohensteinami.

Pięknym świadectwem powiązań Czapskich z najdawniejszymi rodami Europy są znakomite książki Marii Czapskiej „Europa w rodzinie i Czas odmieniony”.