W wieku 26 lat poślubił utalentowaną i bogatą protestantkę – Elżbietę Karolinę Annę baronównę Mayendorffówną. Majątek, podróże, rodzinne koneksje sprzyjały kolekcjonerskim i naukowym zamiłowaniom hrabiego Hutten Czapskiego.  Już w wieku 23 lat został członkiem Towarzystwa Archeologiczno-Numizmatycznego, a mając 27 lat zorganizował i sfinansował ekspedycję naukową na Syberię.

Czapski wiódł u boku kochającej żony szczęśliwe życie, wychowując dwie córki – Zofię i Elżbietę, oraz dwóch synów – Karola i Jerzego. Na początku lat 60. XIX wieku przebudował pałac w Stańkowie tak, by znalazło się miejsce na cenne zbiory (kolekcja liczyła wtedy 20 tysięcy książek, kilka tysięcy rycin, obrazy i kilkanaście tysięcy numizmatów), zbudował "skarbczyk” na księgozbiór, założył arboretum w parku. W 1872 roku dokupił pobliski majątek Przyłuki, powiększając dobra rodzinne do 40 tysięcy ha. Mimo natłoku zajęć sam dokumentował swoje zbiory, poszukując własnych korzeni. Początkowo zbierał przedmioty związane ze Starą Rusią, z czasem zaangażował się w gromadzenie zagrabionych w Polsce poloników.

W miarę jak rozwijała się kariera zawodowa Emeryka, słabł jego entuzjazm dla Rosji i rosło rozczarowanie pozornie tylko liberalną polityką cara Aleksandra II. W 1880 roku Czapski oficjalnie zrezygnował ze stanowiska zarządcy Departamentu Leśnego Cesarstwa Rosyjskiego i jeszcze intensywniej zajął się kolekcjonerstwem.

Wzrost niechęci do Polaków w Rosji po zamachu i śmierci Aleksandra II uświadomił Czapskiemu niebezpieczeństwo zagrażające jego kolekcji. "Stosunki w Rosji za Aleksandra III były nie do wytrzymania dla Polaka” – pisał w jednym z listów. Postanowił więc razem z polskimi zbiorami przenieść się do Galicji. Wybór padł na Kraków. W 1894 roku Emeryk podzielił majątek między synów,
a sam wywiózł do Krakowa 600 tys. rubli w papierach wartościowych.

Nabył jednopiętrowy pałacyk, zbudowany 10 lat wcześniej przez architekta Siedeka przy ul. Wolskiej, aktualnie Piłsudskiego. W styczniu 1895 roku zbiory przyjechały do Krakowa. Tylko polska ich część, bo na to wyłącznie zgodziły się carskie władze. Ale nawet na te zbiory pałacyk okazał się zbyt mały. Czapski zdecydował się na dobudowanie pawilonu. Zaprojektowało go w 1895 roku znane krakowskie biuro architektoniczne Spółki Stryjeński Pokutyński. Strajki robotników opóźniały jednak budowę. Emeryk zachorował na tyfus i dopiero w lutym 1896 roku odzyskał zdrowie. Wiosnę spędził na podróżach do Kołomyi, Nowego Sącza, Inowrocławia, szukając nowych nabytków. Latem choroba wróciła i nocą, z 22 na 23 lipca 1896 roku Emeryk Hutten-Czapski zmarł w wieku 68 lat. Pogrzeb, zgodnie z jego wolą, miał skromny.

Został pochowany na Cmentarzu Rakowickim, z dala od rodzinnych stron. Czapski nie doczekał spełnienia marzenia, jakim było wystawienie i udostępnienie zebranych zabytków.

Opracowanie: Katarzyna Bik, MNK