Jan Matejko (1838-1893) był twórcą wielkoformatowych obrazów o tematyce historycznej oraz cenionych portretów. Wiele z nich można oglądać w Galerii Sztuki Polskiej XIX w. w Sukiennicach. Natomiast w Domu Jana Matejki znajdują się prace reprezentujące wszystkie fazy twórczości: głownie niewielkich rozmiarów - kompozycje historyczne, szkice do wielkich płócien „Mikołaj Kopernik czyli rozmowa z Bogiem” [1871], „Jan Sobieski wręcza kanonikowi Denhoffowi list do papieża z wiadomością o zwycięstwie nad Turkami pod Wiedniem w r. 1683” [1880] oraz wizerunki postaci historycznych. Ważne miejsce zajmują portrety rodziny i przyjaciół, a także „Autoportret” z 1887 r.

Cenny zbiór rysunków został pogrupowany na: szkice do kompozycji historycznych, studia portretowe, kostiumowe, architektoniczne i krajobrazowe oraz rzemiosła artystycznego. Szczególne miejsce zajmują karykatury rodzinne oraz akwarele o tematyce historycznej.

Przechowywane są także liczne kartony projektowe polichromii do kościoła Mariackiego w Krakowie (1889-1891). Realizacja ta przyczyniła się do odnowienia zainteresowań malarstwem ściennym w twórczości jego uczniów: Stanisława Wyspiańskiego i Józefa Mehhofera.

Wyrazem uznania dla osiągnięć Jana Matejki są liczne polskie i zagraniczne medale, dyplomy, świadectwa przynależności do stowarzyszeń artystycznych i naukowych, akty hołdownicze świadczące o wielkim szacunku, a także „berło jako symbol panowania w sztuce” wręczone artyście przez Radę Miasta Krakowa w 1878 roku.

Przechowywane są też cenne dokumenty m.in. listy Matejki do rodziny i przyjaciół, a także autografy osobistości okazjonalnie korespondujących z artystą (m.in. Henryka Sienkiewicza, Władysława Czartoryskiego, Jacka Malczewskiego, Stanisława Tarnowskiego czy Mikołaja Zyblikiewicza).
Twórcy muzeum gromadzili również dokumentację fotograficzną twórczości malarza, a wiele fotografii pochodzi ze zbiorów artysty, a do najcenniejszych należą podobizny Jana Matejki, jego rodziny oraz osób, które pozowały mistrzowi.

Kolekcjonerskich zainteresowań Matejki dowodzi zbiór wyrobów rzemiosła artystycznego, tkanin, ubiorów, militariów, które często posłużyły malarzowi jako rekwizyty w pracy artystycznej oraz zbiór narzędzi tortur pozyskany przez Matejkę podczas renowacji wieży dawnego ratusza. Wiele z nich ma znaczną wartość artystyczną i materialną. Świadectwem silnego związku artysty z Krakowem są np. kopie regaliów Kazimierza Wielkiego wykonane według rysunku artysty, który był obecny podczas komisyjnego otwarcia grobu królewskiego.

Księgozbiór Jana Matejki obejmuje starodruki od XVI do XVIII wieku, wydawnictwa historyczno-artystyczne, często z dedykacjami dla artysty. Są też prace dotyczące Jana Matejki wydane po jego śmierci czyli po 1893 roku.

Obiekty pozostające poza stałą galerią są eksponowane podczas wystaw zmiennych.

opracowanie merytoryczne: Agnieszka Zagrajek, Dom Jana Matejki, MNK

Jan Matejko, Autoportret, 1887

Jan Matejko, Carowie Szujscy na sejmie warszawskim, 1892

Cygaro w futerale, koniec XIX wieku

Jan Matejko, Czaszka Kazimierza Wielkiego, 1869

Władysław Ekielski, Fasada Domu Jana Matejki

Szpilki, XIX wiek

Jan Matejko, Portret Marii Maurizio, 1860

Jan Matejko, Widok z wieży ratuszowej, 1857

Jan Matejko, Wnętrze grobu Kazimierza Wielkiego, 1869

Jan Matejko, Jan III Sobieski wręcza kanonikowi Denhoffowi list do papieża z wiadomością o zwycięstwie nad Turkami pod Wiedniem w r. 1683

Jan Matejko, Zygmunt August i Barbara Radziwiłłówna, 1864

Jan Matejko, Wyjście żaków krakowskich z miasta w 1549 r, 1892