Na postawie zachowanych z okresu okupacji hitlerowskich spisów dzieł sztuki i protokołów odbiorczych sporządzonych przez Biuro Mühlmanna oraz katalogów i publikacji towarzyszących dwóm wystawom zorganizowanym przez Institut für Deutsche Ostarbeit (skrót: IDO, pol. Instytut Niemieckich Prac na Wschodzie) w 1941 i 1942 r., w których prezentowano retabulum z Lusiny, można potwierdzić, że korpus i skrzydła wewnętrzne z reliefami odsłony świątecznej zostały zabezpieczone w 1939 r. i opisane w katalogu Sichergestellte Kunswerke im Generalgouvernement pod numerem 247. Protokół zdawczy sporządzony 1 marca 1940 r. potwierdza ich konfiskatę przez Biuro Mühlmanna, działające pod kierownictwem prof. dr Kajetana Mühlmanna - austriackiego historyka sztuki, które zajmowało się grabieżą i wywozem zabytków z terenów Polski, Europy Wschodniej, a później także Holandii.

W lipcu 1941 r. retabulum zostało zaprezentowane na wystawie poświęconej sztuce Wita Stwosza zorganizowanej w Collegium Maius Uniwersytetu Jagiellońskiego, ówczesnej siedzibie Institut für Deutsche Ostarbeit w Krakowie. Ewald Behrens, historyk sztuki opisujący ołtarz, przedstawił głównie szafę środkową i skrzydła z reliefami odsłony świątecznej. Na temat cyklu pasyjnego zdobiącego odwrocia wypowiedział się jedynie jednym zdaniem. Można zatem domniemywać, co potwierdzają pozostałe źródła niemieckie dokumentujące poliptyk z Lusiny, że funkcjonował on wówczas jako tryptyk składający się z korpusu i jednej pary skrzydeł. 

W okresie pomiędzy lipcem 1941 r. a czerwcem 1942 r. tryptyk został poddany pracom konserwatorskim. Nadzorował je Eduard Kneisel – Austriak, główny konserwator z ramienia Biura Mühlmanna w Krakowie.

W czerwcu 1942 r. w Institut für Deutsche Ostarbeit w Krakowie (Collegium Maius UJ)  wystawiono w ramach wystawy „Altdeutsche Kunst aus Krakau und dem Karpathenland” już nie cały tryptyk (jak w 1941 r.), a jedynie dwie kwatery z prawego skrzydła ze scenami Zaśnięcia Marii i Legendy o Teofilu z Adany.

Z uwagi na fakt, że konkretny czas oraz okoliczności demontażu i wywiezienia elementów poliptyku z Krakowa nie są znane, starano się podczas kwerendy zrekonstruować dzieje obiektu po 1942. Badanie archiwów i działów Kwerend Muzeum Narodowego w Krakowie i Muzeum Narodowego w Warszawie, do którego trafiły zrewindykowane po wojnie fragmenty polipty dostarczyły nieznanych dotąd informacji. Wbrew wcześniejszym przekonaniom retabulum zostało częściowo rozłożone, najprawdopodobniej przed grabieżą. Jego najcenniejsze (według okupanta) fragmenty – płaskorzeźba z korpusu przedstawiająca Świętą Rodzinę oraz kwatery cyklu maryjnego - Zwiastowanie, Boże Narodzenie, Śmierci Marii i Legenda św. Teofila z Adany zostały zrabowane i wywiezione z Krakowa lub z Polski. Jest niezwykle interesujące, że jedna para skrzydeł poliptyku, która była zdeponowana w składnicy muzealnej na Wawelu i przekazana z powrotem do Muzeum Narodowego w Krakowie w czerwcu 1945 r. została opisana w protokole zdawczo-odbiorczym jako [skrzydła] „(…) jednakże bez rzeźb”. Można by zatem przypuszczać, że wzmiankowane są skrzydła wewnętrze, choć nie wynika to jednoznacznie z tekstu.

Zdigitalizowane powojenne archiwa wojsk amerykańskich The National Archives and Records Administration (skrót: NARA), w których są zgromadzone, m.in. dokumentacje rewindykacyjne zagrabionych dzieł sztuki składowanych w amerykańskiej strefie w Niemczech i Austrii obejmującej południowo-wschodnie kraje związkowe Niemiec: Bawarię, Hesję, Badenię-Wirtembergię i Bremę oraz Austrię, zawierają kilka wzmianek o obiekcie. Szczególnie istotne są materiały z Ardelia Hall Collection, które zawierają kilka wzmianek o grabieży i poszukiwaniach poliptyku nazywanego zwykle tryptykiem lub ołtarzem z Lusiny. Na ich podstawie wiadomo, że Ambasada Polska kontaktowała się z Monuments, Fine Arts and Archives Program (skrót: MFA&A) w kwestii zaginionych fragmentów poliptyku z Lusiny jeszcze w sierpniu 1947 r. Odpowiedź z Wiesbaden Central Collecting Point, czyli jednego z czterech centralnych punktów zbiorczych w powojennych Niemczech, gdzie katalogowano i przechowywano zrabowane przez nazistów dzieła sztuki, stwierdza w październiku 1947 r. brak obecności jakiejkolwiek