Muzeum Książąt Czartoryskich założyła w Puławach w 1801 roku księżna Izabela  z Flemmingów Czartoryska. Mieściło się w Świątyni Sybilli i Domu Gotyckim. Po upadku powstania listopadowego Adam Jerzy Czartoryski, syn Izabeli, wywiózł kolekcję do  Paryża.

Wydarzenia  komuny paryskiej w 1871 roku skłoniły księcia Władysława Czartoryskiego, syna Adama Jerzego, do przeniesienia Muzeum i Biblioteki do Krakowa. W 1874 roku Rada miasta Krakowa oddała Czartoryskiemu na własność Arsenał Miejski, baszty Ciesielską i Stolarską, dawny mur forteczny, budynek do niego przylegający oraz część Plant z przeznaczeniem na zbiory biblioteczne i muzealne. 7 października 1880 roku Rada podjęła decyzję o nadaniu Władysławowi tytułu honorowego obywatela Krakowa. Dyplom został wręczony w górnej Sali Arsenału 3 lipca 1881 roku.