W latach 40. eksperymentował z takimi technikami jak kolaż, fotomontaż, dekalkomania. Był twórcą pierwszego polskiego obrazu taszystowskiego. Pionierski okres twórczości przerwał jego akces do socrealizmu. Włączył się w nurt sztuki oficjalnej, działał jako organizator życia artystycznego i pełnił kierownicze funkcje z ZPAP.

W okresie odwilży postalinowskiej powrócił do ekspresyjnego, zakorzenionego w surrealizmie malarstwa abstrakcyjnego, którego nigdy do końca nie porzucił. Z końcem lat 50. odnalazł swój styl w informelu. Wypracował własny rozpoznawalny warsztat malarski. Jego prace mają budowę warstwową, na malowane techniką olejną bądź wodną tło spływają wąskie fakturalne linie czarnego lub białego lakieru oplatające całą kompozycję. Z czasem reliefowa materia obrazów ustępuje przed subtelnymi laserunkami, które odsłaniają głębię warstw kolorystycznych. Jego malarstwo nabiera charakteru poetyckiego. W 1965 roku został przyjęty do Grupy Krakowskiej.

Do najważniejszych realizacji Lenicy należy monumentalne malowidło ścienne w Gmachu ONZ w Genewie. Jego prace znajdują się w zbiorach Muzeum Narodowego w Warszawie, Krakowie, Poznaniu, Wrocławiu, Szczecinie, w Muzeum Sztuki w Łodzi oraz w wielu innych kolekcjach muzealnych i prywatnych w kraju i za granicą.

Artysta wiele podróżował po Europie i Ameryce. Owocem podróży do krajów Ameryki Łacińskiej był między innymi cykl 14 obrazów zatytułowany "Chile, Chile" (1973).

"Trzy lata temu byłem w Chile. Moim przewodnikiem był znakomity malarz chilijski Matta, ogromnie zaangażowany w dramatyczny konflikt swojej ojczyzny. Spędziłem z nim dużo czasu. Rozmawialiśmy długo i gorąco. Rozmowy te zapadły głęboko w moją pamięć. Pod wpływem tego, co się stało w Chile, namalowałem moje "Chile, Chile". Walka o prawdę i sprawiedliwość to potężny zaczyn. Matta zaś zmuszony był później opuścić swoją ojczyznę".
/Alfred Lenica/

We wrześniu 1973 roku wojskowy zamach stanu w Chile doprowadził do obalenia Salvadora Allende. Zamordowanych i porwanych zostało kilkanaście tysięcy osób. Życie stracił sławny chilijski poeta, laureat Nagrody Nobla z 1971 roku, Pablo Neruda. Poparcie dla rządów Jedności Ludowej sprawiło, że Matta stał się jednym z najbardziej znienawidzonych przez reżim generała Pinocheta chilijskich twórców. Anulowano mu paszport, usunięto jego obrazy z Galerii Narodowej, a wojsko systematycznie niszczyło stworzone przy jego pomocy freski i murale.

Reakcja Lenicy była spontaniczna, bardzo emocjonalna, a zarazem kolejny raz wpisująca się w teorię surrealizmu dotyczącą zmieniania świata poprzez sztukę, malarstwo i poezję. Cykl obrazów "Chile, Chile" zadedykował Mattcie i narodowi chilijskiemu.