Był synem Jerzego Hutten-Czapskiego i Józefy Leopoldyny z domu Thun-Hohenstein oraz wnukiem Emeryka Hutten-Czapskiego, zasłużonego dla Muzeum Narodowego w Krakowie kolekcjonera numizmatów i darczyńcy.

Po maturze w 1915 roku rozpoczął studia prawnicze. Po wybuchu I wojny światowej został powołany do wojska - dzięki koligacjom dostał się do carskiego Korpusu Paziów, a po rewolucji bolszewickiej wstąpił do I Pułku Ułanów Krechowieckich dowodzonego przez gen. Józefa Dowbor-Muśnickiego. Z racji poglądów pacyfistycznych przerwał służbę wojskową i zapisał się do Szkoły Sztuk Pięknych w Warszawie. Wrócił do wojska z misją poszukiwania zaginionych w Rosji towarzyszy broni - "krechowiaków"- których bolszewicy rozstrzelali na granicy rosyjsko-fińskiej. Uczestniczył w wojnie polsko-radzieckiej w latach 1919–1920, służąc w pociągu pancernym "Śmiały" w I Pułku Ułanów Krechowieckich.

Po zwycięstwie nad bolszewikami przyjechał do Krakowa, gdzie doznał olśnienia polskością, poznawszy Pamiętnik i Legendę Młodej Polski Stanisława Brzozowskiego oraz dzieła C.K. Norwida. Wkrótce zapisał się do krakowskiej Akademii Sztuk Pięknych, by studiować u Wojciecha Weissa i Józefa Pankiewicza. Wraz z kolegami (m.in. Janem Cybisem, Hanną Rudzką-Cybis, Zygmuntem Waliszewskim, Tadeuszem Piotrem Potworowskim, Arturem Nachtem-Samborskim, Marianem Szczyrbułą, Dorą Berlinerblau, Sewerynem Boraczokiem) założył Komitet Paryski (KP). W 1924 roku kapiści wyjechali do Paryża na studia malarskie. Czapski przebywał tam z przerwami do 1930 roku, studiując pod kierunkiem Józefa Pankiewicza. Po powrocie do kraju intensywnie malował, brał udział w wystawach i pisał na temat sztuki. W 1930 roku współtworzył Instytut Propagandy Sztuki.

W 1939 roku Józef Czapski został powołany do wojska, dostał się do niewoli sowieckiej i był więziony wraz z innymi żołnierzami i oficerami polskimi przez Armię Czerwoną w Starobielsku, Pawliszczew Borze i Griazowcu. Po układzie Sikorski–Majski (lipiec 1941) został zwolniony i wstąpił do Polskich Sił Zbrojnych w ZSRR dowodzonych przez gen. Władysława Andersa. Dostał rozkaz odnalezienia na terenie Związku Radzieckiego polskich oficerów i żołnierzy, którzy więzieni w obozach w Starobielsku, Ostaszkowie, Kozielsku i zostali – jak Czapski przypuszczał – rozstrzelani wiosną 1940 roku. Po zerwaniu układu Sikorski–Majski z armią Andersa przeszedł przez Kazachstan, Persję i Irak na Bliski Wschód, gdzie jako oficer w randze majora był odpowiedzialny za Wydział Propagandy i Oświaty Armii Polskiej na Wschodzie.