W czerwcu 1947 roku w Rzymie pod kierunkiem Jerzego Giedroycia, swojego podwładnego z Wydziału, wraz z Gustawem Herlingiem-Grudzińskim oraz Zofią i Zygmuntem Hertzami współtworzył pierwszy numer emigracyjnej "Kultury", której następne zeszyty zaczęły wychodzić już w Paryżu i podparyskim miasteczku Maisons-Laffitte, gdzie cała redakcja zamieszkała po demobilizacji. Tam też założono Instytut Literacki, w którym Józef Czapski wydawał swoje książki, pisząc jednocześnie do "Kultury" niemal do swej śmierci.
Po II wojnie światowej Czapski malował i prowadził (od wyjścia w 1942 roku z Rosji Sowieckiej) Dzienniki, które do śmierci były "jego oddechem" każdego dnia. Pisał eseje o malarstwie i recenzje z wystaw. W Polsce po II wojnie, z przyczyn politycznych, jego prace eksponowano rzadko, zwykle przy okazji wystaw malarstwa kapistów.

Muzeum Narodowe w Krakowie zorganizowało w 1992 roku ekspozycję "Józef Czapski – malarstwo ze zbiorów szwajcarskich" (prezentowaną później w Muzeach Narodowych w Poznaniu i Warszawie), a w 1996 roku – "Wnętrze. Józef Czapski w stulecie urodzin".

W 1944 roku Józef Czapski wydał Wspomnienia starobielskie (napisane w 1943), a kilka lat później książkę Na nieludzkiej ziemi, poświęconą polskim oficerom zamordowanym w Katyniu i wielu innych miejscach w Rosji Sowieckiej. Inspirował Andrzeja Wajdę w czasie przygotowań do pracy nad filmem Katyń.
W swoim pokoju i w pokoju swej siostry Marii w Maisons-Laffitte Józef Czapski zgromadził przez 50 lat olbrzymie archiwum (20 metrów bieżących), w tym 278 tomów "Dzienników", księgozbiór (ponad 3500 książek), materiały warsztatowe, korespondencję i przedmioty codziennego użytku oraz akcesoria malarskie. Rozważał sprzedaż archiwum Uniwersytetowi w Yale (USA). Ostatecznie postanowił na mocy testamentu przekazać swoją spuściznę Muzeum Narodowemu w Krakowie, pomny na fakt, że zbiory muzealne i biblioteczne jego dziadka Emeryka Hutten-Czapskiego przed blisko 100 laty stały się filarem kolekcji tego Muzeum.

Wykonawcą testamentu uczynił swego współpracownika i redaktora paryskiej "Kultury" Jerzego Giedroycia oraz siostrzenicę Elżbietę Plater-Zyberk Łubieńską, spadkobierczynię. Przekazała ona Muzeum Narodowemu w Krakowie oficjalnym aktem darowizny  z dnia 19 kwietnia 1993 roku rękopisy, szkice, korespondencję, księgozbiór, meble i obrazy wraz z archiwum Marii Czapskiej, siostry Józefa. W 1994 roku, wypełniając testament, przewieziono spuściznę Józefa i Marii Czapskich do Muzeum Narodowego w Krakowie.

Setna rocznica urodzin Józefa Czapskiego w 1996 roku stała się okazją do otwarcia w Muzeum Narodowym w Krakowie wystawy "Wnętrze. Człowiek i miejsce. Józef Czapski – w stulecie urodzin", którą przygotowały Krystyna Zachwatowicz i Barbara Małkiewicz. Na wystawę złożyły się dokumenty, pamiątki rodzinne, rękopisy, książki. Autorki odtworzyły w warunkach muzealnych w skali 1:1 pokój Józefa Czapskiego z Maisons-Laffitte, wypełniając go sprzętami, sztalugami i paletami, książkami oraz teczkami z archiwaliami.

W 2008 roku ukazał się drukiem "Inwentarz archiwum Józefa i Marii Czapskich" obejmujący 521 rękopisów wraz ze spisem pamiątek, rzeczy osobistych, obrazów i księgozbioru Czapskich.

Na skutek zabiegów pracowników Muzeum Narodowego w Krakowie w latach 2008–2010 pozyskano kolejną partię spuścizny Józefa i Marii Czapskich, przekazaną przez Józefa Czapskiego przed śmiercią, w dowód zaufania i sympatii jego siostrzeńcowi Janowi Przewłockiemu, mieszkającemu w Warszawie, który wstępnie porządkował archiwalia w Maisons-Laffitte. W skład tej partii archiwaliów wchodziły fotografie, korespondencja (w tym listy Czesława Miłosza, Sławomira Mrożka, Konstantego Jeleńskiego, Daniela Halévy’ego), korespondencja rodzinna od połowy XIX wieku, w tym Emeryka Hutten-Czapskiego, rodziny Stackelbergów, Meyendorffów i Thunów, materiały literackie i warsztatowe obejmujące w sumie 163 sygnatury rękopiśmienne.

W 2006 roku Muzeum Narodowe w Krakowie uzyskało w darze od Adeli i Władysława Żeleńskich z Paryża dwa obrazy olejne i cztery rysunki Józefa Czapskiego, z których część można oglądać Galerii Sztuki Polskiej XX wieku w Gmachu Głównym.

oprac. Katarzyna Bik na podstawie tekstu Janusza Nowaka