Działalność naukowa należy do statutowych aktywności Muzeum Narodowego w Krakowie. Jednym z jej ważnych przejawów jest działalność publikacyjna.
Nakładem Wydawnictwa MNK regularnie ukazują się katalogi zbiorów i wystaw, a także inne recenzowane publikacje, wnosząc istotny wkład w rozwój krajowej nauki. Przestrzegane są przy tym międzynarodowe zasady etyki publikacyjnej.
Wydawnictwo MNK znajduje się na poziomie I (80 punktów) w ministerialnym wykazie oficyn publikujących recenzowane monografie naukowe. Ponadto jest wydawcą dwóch czasopism naukowych: „Notae Numismaticae – Zapiski Numizmatyczne” oraz „Rozprawy Muzeum Narodowego w Krakowie. Seria Nowa”, z których to pierwsze znajduje się w ministerialnym wykazie czasopism naukowych (70 punktów). Oba periodyki powstają w wersji drukowanej i elektronicznej, udostępnianej online wraz z oznakowaniem numerami DOI (Digital Object Identifier) wskutek umowy MNK z firmą Crossref. Teksty w języku polskim włączane są do obiegu międzynarodowego dzięki abstraktom w języku angielskim.
Muzeum wydaje również serie naukowe, w ramach których publikujemy specjalistyczne opracowania autorstwa zarówno pracowników MNK, jak i badaczy zewnętrznych. We współpracy ze Stowarzyszeniem Miłośników Dawnej Broni i Barwy wydajemy od 1963 roku „Studia do dziejów dawnego uzbrojenia i ubioru wojskowego”, w serii „Bądź co bądź” ukazują się materiały i źródła do historii zbiorów Muzeum i Biblioteki Książąt Czartoryskich, zaś „Prace naukowe Muzeum Narodowego w Krakowie” gromadzą obszerne monografie, będące nieraz rozprawami doktorskimi naszych pracowników.
